حتّى الآن لم نر أي ايفون بدون الأعطال المتعلّقة بالدفعات الأولية، والهاتف الجديد الايفون 6s لم يكسر هذه القاعدة، فلقد لاحظ عدد من مستخدمي الجهاز مشاكل في شدّة السخونة وأعطال في البصمة وتعطّل مفاجئ للجهاز يؤدي إلى الإغلاق غير المتوقع.

المشاكل التي خرّبت تجربة مستخدمي الايفون 6s رغم كلّ ميزاته، تم التعرف عليها من صفحات الشكاوي والمساعدة في موقع Apple، ومن أبرز هذه المشاكل وفقًا لـ 9to5Mac، الأعطال المتعلقة بالسخونة والإغلاق المفاجئ والسماعات وحتّى الميزة الجديدة 3D Touch.

• بعض المستخدمين وجدوا أن بصمة Touch ID في الايفون 6s تسخن لدرجات حرارة عالية جدًا، العطل غالبًا سببه مشاكل في النظام وليس في الجهاز ذاته، ولكنه حتمًا يتعلق بالتطويرات الجديدة على سرعة البصمة.
• رغم وجود مقدار كبير في البطارية، يعاني عدد من مستخدمي الايفون 6s من الإغلاق غير المتوقع للهاتف، والخلل هذا أيضًا يتعلق بالنظام، فالجهاز يمكن تشغيله ببساطة مرّة أخرى.
• يوجد عطل آخر وغريب مع السماعة، فالصوت الذي يخرج منها أحيانًا يكون مشوّش ومرتفع بشكل يلمّح إلى أنها معيوبة، غير واضح ما إن كانت هذه المشكلة تتعلق بالنظام أو في مكوّنات السماعة ذاتها، ولكن بعض المستخدمين استطاعوا بشكل مبدئي ومؤقت حلّ هذه المشكلة بعمليّة ريستور.
• معاناة أخرى سببها ميّزة 3D Touch هي عدم تحديد النظام ما إن قام المستخدم بالضغط بقوة أو باللمس بشكل طبيعي، ففي بعض الأحيان يعتبر النظام أنك قد ضغطت بقوّة على رابط فيفتحه بنافذة صغيرة رغم أنك قد لمسته بشكل اعتيادي.

لحسن حظ Apple، أخطاء مهندسيها لم تظهر على جانب الهاردوير، مما قد يتطلب استدعاء واسترجاع جميع الوحدات والنسخ المعطّلة واستبدالها.